Žrtve ovog zločina su: Esad Kapetanović, Ilijaz Ličin, Fehim Bakija, Šećo Softić, Rifat Husović, Halil Zupčević, Senad Đečević, Jusuf Rastoder, Ismet Babačić, Toma Buzov, Adem Alomerović, Muhedin Hanić, Safet Preljević, Džafer Topuzović, Rasim Ćorić, Fikret Memović, Fevzija Zeković, Nijazim Kajević, Zvjezdan Zuličić i jedno nepoznato lice.
Do danas su pronađeni posmrtni ostaci samo četiri žrtve. Telo Halila Zupčevića pronađeno je krajem 2009. godine na obali jezera Perućac, a posmrtni ostaci Rasima Ćorića, Jusufa Rastodera i Ilijaza Ličine nađeni su u istom jezeru 2010. godine, dok se za ostalim žrtvama i dalje traga.
Za ovaj zločin do sada su pravnosnažno osuđeni samo Nebojša Ranisavljević i Mićo Jovičić. U sudskom postupku koji je protiv Nebojše Ranisavljevića vođen pred Višim sudom u Bijelom Polju (Crna Gora) utvrđeno je da je grupa pripadnika Višegradske brigade VRS, koju je predvodio Milan Lukić, nasilno zaustavila voz u stanici Štrpci i iz njega izvela 18 putnika Bošnjaka, jednog Hrvata i jednu osobu neutvrđenog identiteta, koje su potom vojnim kamionom odvezli u prostorije osnovne škole u mestu Prelovo kod Višegrada. Nakon što su im oduzeli sve vredne stvari i pretukli ih, vezali su ih žicom i odvezli u napuštenu kuću u obližnje selo Mušići, gde su im naredili da legnu, a zatim su ih Milan Lukić i Boban Inđić ubili. Za to vreme Ranisavljević je čuvao stražu ispred kuće. Kada je jedan od otetih putnika pokušao da pobegne, Ranisavljević ga je ranio, a potom je ranjenog putnika ubio Milan Lukić. Ranisavljević je 2003. godine osuđen na kaznu zatvora u trajanju od 15 godina.
Tokom suđenja Ranisavljeviću, na osnovu dokumentacije ŽTP „Beograd” utvrđeno je da je otmica bila unapred planirana i da su predstavnici državnih organa Srbije i Savezne Republike Jugoslavije (SRJ) bili upoznati sa postojanjem plana da se na stanici Štrpci izvrši otmica putnika muslimanske nacionalnosti. ŽTP je o tom planu obavestio Ministarstvo odbrane SRJ, Užički korpus Vojske Jugoslavije i Državnu bezbednost, ali ništa nije preduzeto da se otmica spreči.
Mićo Jovičić, protiv koga je vođen postupak pred sudom Bosne i Hercegovine, priznao je da je učestvovao u premlaćivanju civila i da je čuvao stražu prilikom njihove otmice iz voza i likvidacije, te je sa Tužilaštvom Bosne i Hercegovine 2016. godine zaključio sporazum o priznanju krivice, na osnovu kojeg je osuđen na kaznu zatvora u trajanju od pet godina.
Za zločin u Štrpcima pred sudom Bosne i Hercegovine u toku je suđenje desetorici optuženih, među kojima su Luka Dragičević, komandant Višegradske brigade i Boban Inđić, komandant Interventne čete u Višegradskoj brigadi.
U Srbiji je zbog zločina počinjenog u Štrpcima Tužilaštvo za ratne zločine (TRZ) podiglo optužnicu u martu 2015. godine protiv pet lica. Optužnicu sud do danas nije potvrdio, već ju je nekoliko puta vraćao TRZ-u na dopunu.
Porodice žrtava, od kojih su većina državljani Srbije, suočene su i sa dvodecenijskim ignorisanjem državnih organa nadležnih za brigu o civilnim žrtvama rata (Ministarstvo za rad, zapošljavanje, boračka i socijalna pitanja – u daljem tekstu Ministarstvo za rad). Majke, očevi, deca, supružnici i drugi srodnici žrtava ovog zločina, zbog diskriminatornog zakonskog okvira u Srbiji, koji im uskraćuje prava samo zbog toga što su stradali van teritorije Srbije, iako su bili njeni građani, ne mogu dobiti status članova porodica civilnih žrtava rata koji bi im osigurao simbolične beneficije u vidu mesečnih novčanih primanja i socijalne podrške.
Na neadekvatnost postojećeg zakonskog rešenja i njegovo diskriminatorno sprovođenje već godinama ukazuju žrtve i njihova udruženja, FHP i druge organizacije civilnog društva. Uprkos ozbiljnim primedbama domaćih i međunarodnih aktera, taj zakon još uvek nije promenjen.
FHP, Žene u crnom, Sandžački odbor za zaštitu ljudskih prava i sloboda i Inicijativa mladih za ljudska prava ponovo pozivaju Tužilaštvo za ratne zločine i sudove da reše pitanje potvrđivanja optužnice za ovaj zločin i nastave postupak, a Ministarstvo za rad i druge nadležne institucije da donesu novi zakon zasnovan na Modelu zakona o pravima civilnih žrtava povreda ljudskih prava u oružanim sukobima i u vezi sa oružanim sukobima u periodu od 1991. do 2001. godine, koji sadrži normativna rešenja za ostvarivanje prava žrtava u skladu sa međunarodnim ugovorima o zaštiti ljudskih prava i drugim međunarodnim standardima u pružanju reparacija žrtvama.
FHP, Žene u crnom, Sandžački odbor za zaštitu ljudskih prava i sloboda i Inicijativa mladih za ljudska prava obeležiće 25. godišnjicu zločina u Štrpcima u utorak, 27. februara 2018. godine, sa početkom u 15:48 časova pred ulazom u Glavnu železničku stanicu u Beogradu.
